En 1998, Busta Rhymes réalisa The Imperial avec le groupe Flipmode Squad, qui compte, outre Busta, Rah Digga, Rampage, Lord Have Mercy, Spliff Star et Baby Sham. Busta Rhymes sortit ensuite l'album Extinction Level Event (Final World Front) inspiré du film catastrophe Deep Impact. Les singles "Gimme Some More" et "What's It Gonna Be", avec Janet Jackson, en sont les principaux titres.
En 2000 sortit Anarchy, son 4e album solo. L'album ne rencontra par un énorme succès. Par ailleurs, Busta Rhymes quitta Elektra Records pour J Records
En 2001, il sortit un nouvel album intitulé Genesis. Le succès rencontré fut à la hauteur de son tube, "Break Ya Neck", dont la rapidité du flow est remarquable. Genesis contient aussi "Shut Em Down 2002" et "Pass The Courvoisier", et estproduit par des producteurs de renommée mondiale Dr. Dre et The Neptunes, ...
En 2002, Busta Rhymes sortit son sixième album It Ain't Safe No More. Le premier single extrait, "Make It Clap", rencontra un immense succès, surtout après un remix avec Sean Paul. Le second, "I Know What You Want" avec Mariah Carey, fut lui aussi très populaire.
Pour son album suivant, Busta Rhymes signa sur le label de Dr. Dre, Aftermath Entertainment. Le 12 juin 2006 sortit donc The Big Bang dont les premiers singles sont "Touch It" (et son remix avec moultes invités : Lloyd Banks, DMX, Rah Digga, Papoose, Mary J. Blige, Hebo, Missy Elliott), Method Man, Jay-Z & Nas, ... Le second single est "I Love My Bitch" ("I Love My Chick" pour les ondes américaines) avec Will.I.Am, Kelis et Hafid. Le clip reprend le concept du film Mr. & Mrs. Smith avec Gabrielle Union qui reprend ici le rôle tenu par Angelina Jolie.
En novembre 2007, il sort, avec le DJ Mick Boogie, une mixtape en hommage au producteur décédé en février 2006, J Dilla. La mixtape, intitulée Dillagence, est composée de morceaux enregistrés sur des instrumentales produites par Dilla mais que Busta n'avait jamais utilisées. J Dilla, ou Jay Dee, avait collaboré avec Busta Rhymes dès les débuts en solo de ce dernier et remixant son tube "Woo-Hah ! Got You All In Check" en 1996 et en participant ensuite à tous ses albums.
En 2008, Bus-A-Bus devrait sortir son 8e opus solo. Au départ intitulé "Before Hell Freezes Over however ", Back On My BS puis Blessed, il s'intitulera B.O.M.B.. L'album a été repoussé de nombreuses fois et devrait sortir en décembre 2008. Le 1er single est "We made it" avec deux des membres de Linkin Park : Chester Bennington et Mike Shinoda.
La sortie de l'album pourrait être contrarié en raison du changement de label du rappeur : en septembre 2008 il quitte Aftermath/Interscope pour le célèbre label de Soul, Motown, filiale d'Universal Music Group.
Il a aussi preté sa voix dans jeu vidéo Def Jam: Fight for NY à son personnage: Magic.

